W oddziale prowadzony jest szereg działań mających na celu ochronę środowiska wodnego. Zamierzeniem tego jest całkowite wyeliminowanie bądź jak największe zminimalizowanie niekorzystnego oddziaływania.
Ochrona wód powierzchniowych
Elektrownia Dolna Odra wyposażona jest w obiekty służące do redukcji zanieczyszczeń zawartych w ściekach. Dzięki temu wszystkie ścieki wprowadzane do środowiska (tj. do wód powierzchniowych śródlądowych) spełniają parametry wymagane przepisami prawa z zakresu ochrony środowiska. W zależności od rodzaju ścieków, oczyszczane są one w oczyszczalni chemicznej, biologicznej bądź mechanicznej.
Innym działaniem prowadzonym przez elektrownię jest ograniczenie zużycia wody powierzchniowej. Dzięki modernizacjom sieci, instalacji itp. zapotrzebowanie na to medium uległo zmniejszeniu. Ponadto w Oddziale część ścieków przemysłowych jest ponownie wykorzystywana, co pozwala na ograniczenie oddziaływania na środowisko.
Elektrownia prowadzi stały monitoring ilościowy i jakościowy pobieranych wód oraz odprowadzanych ścieków. W ramach monitoringu wykonywane są pomiary automatyczne oraz okresowe.
Ochrona wód podziemnych
Ochrona ta polega na zapobieganiu przedostawania się szkodliwych substancji do gruntu i dalej do warstw wodonośnych.
W zakresie ochrony punktowej dla wszelkich urządzeń i zbiorników stanowiących potencjalne źródło skażenia środowiska zastosowano zbiorniki dwupłaszczowe, misy olejowe lub tace chemoodporne.
Dla obiektów obszarowych takich jak place (magazynowe, manewrowe), składowiska (paleniskowe, nieprodukcyjne), tory kolejowe, również stosuje się szereg różnorodnych zabezpieczeń. Są to m.in. rowy opaskowe, geomembrany, odpowiednie wyprofilowanie i utwardzenie powierzchni, a także wyposażenie w sieć kanalizacyjną z urządzeniami podczyszczającymi.
Ponadto, oddział przeprowadza modernizacje i bieżące remonty sieci kanalizacyjnych, zapobiegając przed wprowadzaniem ścieków do gruntu.
Innym działaniem prowadzonym przez elektrownię jest ograniczenie zużycia wody podziemnej, poprzez m.in. wymianę urządzeń na urządzenia nowszej generacji bądź dostosowanie ich wydajności do bieżących potrzeb zakładu.
Oddział prowadzi stały monitoring wód podziemnych wokół składowisk odpadów paleniskowych, a także posiadają na terenie zakładów sieć piezometrów umożliwiających kontrolę poziomu zwierciadła wód gruntowych oraz pobór i badanie jakości wód.