W Oddziale prowadzony jest szereg działań mających na celu ochronę środowiska wodnego poprzez zminimalizowanie niekorzystnego oddziaływania.
Ochrona wód powierzchniowych
Elektrownia Dolna Odra wyposażona jest w obiekty służące do redukcji zanieczyszczeń zawartych w ściekach. Dzięki temu wszystkie ścieki wprowadzane do środowiska (tj. do wód powierzchniowych śródlądowych) spełniają parametry wymagane przepisami prawa z zakresu ochrony środowiska. W zależności od rodzaju ścieków, oczyszczane są one w oczyszczalni chemicznej, biologicznej bądź mechanicznej.
Elektrownia ciągle dąży do ograniczenia zużycia wód powierzchniowych na cele technologiczne. Dzięki optymalizacjom i , modernizacjom. zapotrzebowanie na to medium uległo znacznemu zmniejszeniu. Oddziale ponownie wykorzystuje część ścieków w procesach technologicznych, co pozwala na ograniczenie oddziaływania na środowisko.
Elektrownia prowadzi stały monitoring ilościowy i jakościowy pobieranych wód oraz odprowadzanych ścieków. W ramach monitoringu wykonywane są pomiary automatyczne oraz okresowe.
Ochrona wód podziemnych
Ochrona ta polega na zapobieganiu przedostawania się szkodliwych substancji do gruntu i dalej do warstw wodonośnych.
W zakresie ochrony punktowej dla wszelkich urządzeń i zbiorników stanowiących potencjalne źródło skażenia środowiska zastosowano zbiorniki dwupłaszczowe, misy olejowe lub tace chemoodporne.
Dla obiektów obszarowych takich jak place (magazynowe, manewrowe), składowiska (paleniskowe, nieprodukcyjne), tory kolejowe, również stosuje się szereg różnorodnych zabezpieczeń. Są to m.in. rowy opaskowe, geomembrany, odpowiednie wyprofilowanie i utwardzenie powierzchni, a także wyposażenie w sieć kanalizacyjną z urządzeniami podczyszczającymi.
Oddział przeprowadza modernizacje i bieżące remonty sieci kanalizacyjnych, przeciwdziałając przedostawaniu się ścieków do gruntu.
Elektrownia ogranicza zużycie wody podziemnej, poprzez wymianę urządzeń na urządzenia nowszej generacji bądź dostosowanie ich wydajności do bieżących potrzeb zakładu.
Prowadzony jest stały monitoring wód podziemnych wokół składowisk odpadów paleniskowych wykorzystując do tego celu sieć piezometrów umożliwiających kontrolę poziomu zwierciadła wód gruntowych oraz pobór i badanie jakości wód.